Вам нужно вставить в файл index.php следующий код -
<embed type="application/x-shockwave-flash" width="220" height="200" src="images/stories/flash.swf" quality="best" wmode="Window" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"></embed>
где
src="images/stories/flash.swf" - путь до самого файла flash,
width и height - ширина и высота файла соответственно.
Если сайт на Joomla, то можно создать новый mod_custom, содержащий вышеприведенный код (редактор TinyMce на время этой операции лучше отключить), и разместить новый модуль там, где необходимо - в любой позиции или же, скажем, прямо в тексте, воспользовавшись Modules Anywhere.
